재정경제부가 지난 3일 발표한 2026년 세제개편안에 따라 2027년부터 기업의 연구개발비 세액공제와 통합투자세액공제에 지방우대계수가 도입된다. 기준 공제율에 수도권 1.0, 비수도권 광역시 등과 수도권 우대지역 1.1, 기타 비수도권과 비수도권 광역시 등 우대지역 1.3, 기타 비수도권 우대지역 1.5의 계수를 곱해 공제율을 산정하는 방식이다. 세부 지역 구분은 서울과의 거리, 인구, 경제·사회 여건 등을 반영한 행정안전부 지방우대지수를 고려해 대통령령으로 정한다.
중소기업 취업자에 대한 근로소득세 감면도 지방 우대 방식으로 개편된다. 청년 취업자의 경우 현행 5년간 90퍼센트 감면에서 근무 사업장 소재지에 따라 기타 비수도권 우대지역은 최대 10년간 90퍼센트 감면으로 확대된다. 수도권 소재 기업이 비수도권으로 사업장을 이전하거나 신설·증설 투자를 하면서 근무지를 옮긴 근로자에게 지급하는 월 20만 원 이내(기타 비수도권 우대지역은 월 50만 원 이내)의 이주수당에 대해서는 근로소득세가 비과세된다.
고향사랑기부금 세액공제도 지방 우대가 적용돼 10만 원 초과 20만 원 이하 기부금의 공제율이 기타 비수도권 지역 기준 40퍼센트에서 50퍼센트로, 20만 원 초과 2천만 원 이하 구간은 기타 비수도권 우대지역 기준 15퍼센트에서 25퍼센트로 상향된다. 창업중소기업 세액감면 역시 비수도권을 세분화해 최대 100퍼센트까지 감면율을 높이고, 점프업 중소기업과 청년 신산업 중소기업 유형을 추가한다.
혜택 확대와 함께 남용 방지 장치도 마련됐다. 지방 이전 후 수도권에 사실상 동일한 사업장을 설치하는 경우 감면 세액을 추징하고, 감면 기간 중 상시근로자 수 유지 의무와 감면 한도가 신설되며, 감면 세액의 30퍼센트 이상을 투자·연구개발·고용·상생협력 방식으로 해당 지역에 환류하도록 의무화한다.