재정경제부가 지난 3일 발표한 2026년 세제개편안에 따르면, 주택 양도소득세의 장기보유특별공제 제도가 '장기거주 소득공제'로 개편된다. 개편안은 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용되며, 실제 거주하지 않은 주택에 대한 공제 혜택은 단계적으로 축소된다.
1세대 1주택자의 경우 현재 보유 기간 연 4퍼센트(최대 40퍼센트)와 거주 기간 연 4퍼센트(최대 40퍼센트)를 합산해 공제하지만, 개편안에 따르면 2028년에는 거주공제가 연 6퍼센트(최대 60퍼센트)로 확대되는 대신 보유공제가 연 2퍼센트(최대 20퍼센트)로 축소되고, 2029년부터는 거주공제 연 8퍼센트(최대 80퍼센트)만 남고 보유공제는 폐지된다. 다주택자 역시 2029년부터 2년 이상 거주한 경우에 한해 연 2퍼센트(최대 30퍼센트)의 거주공제만 적용받는다.
공제 한도도 신설된다. 장기거주 소득공제는 1인당 연간 및 양도 물건별로 각각 2028년 20억 원, 2029년 이후 10억 원까지만 적용된다. 다만 취학, 근무상 형편, 1년 이상의 치료·요양 등 부득이한 사유로 다른 시·군으로 이주하는 경우 최대 3년까지 보유 기간을 거주 기간으로 인정하고, 재개발·재건축 공사 기간은 절반을 거주 기간으로 인정하는 보완 장치를 뒀다.
장기 거주자에 대한 혜택은 확대된다. 10년 이상 거주한 양도가액 30억 원 이하의 1세대 1주택을 양도하는 경우 양도소득 기본공제가 연 250만 원에서 2,500만 원으로 늘어나며, 이는 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 적용된다.