2차 종합특별검사팀이 180일간의 수사를 마친 뒤 윤희근 전 경찰청장 등 46건의 사건을 경찰청 국가수사본부로 이첩했다. 윤 전 청장은 혐의 입증 없이 사건을 넘긴 특검의 결정을 정치 보복성 수사라며 강하게 비판했다. 윤 전 청장은 이첩 결정을 두고 '무책임하고 후안무치'라고 표현했다.
특검이 통일교 수사 무마와 관련해 윤 전 청장을 대상으로 180일간 수사를 진행한 것으로 알려졌다. 수사팀이 구체적인 혐의를 입증하지 못했음에도 이첩 결정을 내린 것으로 전해진다. 윤 전 청장은 이를 정치적 의도에 따른 수사라고 주장하고 있다.