법무부는 공소청의 형 집행 등 잔여 업무를 수행하기 위해 특수활동비 편성이 필요하다고 주장했다. 반면 기획예산처는 공소청에 수사 기능이 없다는 점을 들어 편성에 난색을 표한 것으로 전해졌다.
이 과정에서 법원행정처가 대법관 등에게 12억 9900만 원의 현금 격려금을 정기 지급해온 사실이 드러나 논란이 커졌다. 특활비의 필요성과 집행 구조를 둘러싼 시각 차가 동시에 제기되면서, 사법·수사 지원 예산의 성격과 정당성에 대한 관심이 확대되는 양상이다.
향후에는 각 부처 간 입장 차가 예산 편성 과정에서 어떻게 조정될지, 법원행정처의 격려금 지급 관행에 대한 설명과 제도 보완 논의가 이어질지 주목된다.